A investigação desenvolvida no CIEd enfrenta importantes desafios metodológicos advindos da sua matriz interdisciplinar, que exige uma vigilância permanente sobre o processo de pesquisa e um aprofundamento e renovação de caminhos metodológicos adequados à natureza dos objetos de estudo. Neste contexto, é imperativo que os jovens investigadores adquiram e consolidem as suas competências investigativas e, nesse sentido, o CIEd, em parceria com o Curso de Doutoramento em Ciências da Educação, organiza, anualmente, a Escola de Inverno: um conjunto de sessões de formação e/ou workshops, totalmente dedicados às metodologias de investigação em Educação.